Конфигурация с двумя отдельными серверами

Не поможет ли в этом случае DFS (Distributed File System)?

По всей видимости придётся подключать уже два сетевых диска, но можно ли в BDE прописать такую конфигурацию или есть иной способ?

Этого делать не надо.
BDE может быть настроено на один диск, а базы лежать на другом.
Всё будет работать нормально. Важно только иметь постоянный доступ к общему ресурсу для BDE.
База может находиться и на любом сетевом ресурсе, главное одинаковое наименование этого ресурса для всех пользователей.

Разрешите уточнить?

Задача: Есть одна рабочая станция с которой необходимо организовать доступ к базам данных двух организаций X и Y. Эти базы находятся на двух разных серверах (X и Y соответственно). На этих серверах ПРИДЕТСЯ ставить разные ключи от Инфо-бухгалтера (всего два ключа).

Созданы два сетевых диска диск X (сервер X) и диск Y (сервер Y) на рабочей станции.
Программа на рабочей станции одна (один ярлык на рабочем столе).
При запуске программы она сначала ищет в сети ключ. В данный момент в сети два ключа. К какому серверу она подключится? Не будет ли конфликта?
А BDE точно отработает корректно в этих условиях или придется что-то допиливать?

Или надо делать совсем по другому?

Ключ ищется только для запуска программы на рабочем месте.
Место подключения ключа и расположение базы никак не связаны.
Всё должно работать и так.
Если что не понятно, пишите на ib@modus.ru