Возврат материалов поставщику, если материал уже был оприходован, поставлен на баланс и оплачен полностью

Как обычную реализацию.

В таком случае получается доход как от продажи покупных товаров, но ведь это возврат?

Ну почему же?
Это будет, если Вы проводки сформируете, как при реализации.
Проводки должны быть сторно.

Добрый день!

Столкнулась с такой же ситуацией впервые.
Как в программе выписать счет-фактуру на возврат,
чтобы получилась не реализации, а проводки сторно?

Счёт-фактуру выдаёт тот, кто возвращает, а вы оприходуете счёт-фактуру.

В этом и дело, что моя организация возвращает.
И у меня возник вопрос, как правильно
выписать счет-фактуру на возврат их товара?

Как на отгрузку.

Порядок исчисления НДС и оформления счетов-фактур при возврате некачественного товара зависит от того, принял ли Вы на учет некачественный товар (перешло ли право собственности на товар или нет).

Если недостатки товара обнаружены при его приемке и Вы отказываетесь от брака, право собственности на такой товар к Вам не переходит.
В этом случае возврат товара поставщику не является реализацией (ст. 475 ГК РФ, п. 3 ст. 168 и п. 1 ст. 39 НК РФ) и поставщику следует выставлять корректировочный счет-фактуру. В корректировочном счете-фактуре необходимо отразить уменьшение количества и стоимости первоначально отгруженного товара (письма Минфина России от 07.08.12 № 03-07-09/109, от 31.07.12 № 03-07-09/96, от 13.04.12 № 03-07-09/34, ФНС России от 05.07.12 № АС-4-3/11044@). Вы (покупатель) данный счет-фактуру регистрирует в книге продаж.

Если Вы товар приняли на учет, то возврат следует оформлять как обратную реализацию.
В данном случае продавец корректировочные счета-фактуры Вам (покупателю) не выставляет (письмо Минфина России от 20.02.12 № 03-07-09/08). Вы (покупатель) при возврате брака, принятого на учет, обязаны выставить продавцу этих товаров соответствующий счет-фактуру и второй экземпляр счета-фактуры зарегистрировать в книге продаж (письма Минфина России от 10.08.12 № 03-07-11/280 и ФНС России от 11.04.12 № ЕД-4-3/6103@, решение ВАС РФ от 30.09.08 № 11461/08, постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 27.11.07 № Ф08-7717/07-2891А (оставлено в силе определением ВАС РФ от 22.02.08

Согласна с Полуниным Евгением, счет-фактура на отгрузку.
Код операции 03.

А я с Евгением не согласен. Надо ка креализацию проводить.