После обновления ИБ пропали все данные за 2016 год.

Возможно, вместо обновления вы выбрали вариант Установка.
В этом случае необходимо восстанавливать из резервной копии.
Если есть своя резервная копия, восстановить из неё.
Так же можно восстановить из папки _IbBackup_2017_01_12.
Еще какие-то данные можно восстановить из папки Backup.

Было точно обновление - т.к. данные за 2015 год остались.
И в папке _IbBackup_2017_01_12. так же данные только до сентября 2015 года.

Может у вас установлен фильтр? Операции фильтр. Попробуйте выключить его.
Посмотрите, а расчеты по зарплате (Т-51, Т-49) или по счетам -фактурам (книга продаж, покупок) формируются за 2016 год?

Пробовала и выключать и сбрасывать.
Т-51, Т-49 пустые, как будто ничего не было.
А в другой составляется.
Видимо, работала все-таки через второй ярлык.
А вот в ЖХО и архивах - пусто.

Проверьте настройки папок

Версия локальная, все от текущей папки.

Видимо, работала все-таки через второй ярлык.

Вот это обстоятельство наталкивает на мысль о том, что оно где-то есть и надо поискать.
Позвоните в КЦ Модус, я сейчас на месте. Могу подключиться через интернет.

Позвонить смогу только вечером.
Есть возможность описать, как искать?

Хотя бы сделать ревизию, где что установлено.
Перечень форматов блоков описан в DOC\Форматы. Для блока счетов-фактур это файл ФорматСФ.XLS.
Вот эти файлы и искать. Потом в найденном проверить содержание.
P.S. Звоните вечером.