стандартные вычеты

Если считаем отпускные в начале месяца (делаем расчет зп) программа сразу применяет вычет.

Когда считаем зп уже за месяц, вычет естественно уже использован

НО когда формируем налоговый регистр по НДФЛ, вычет применяется к расчету зп (к окладу или можно установить настройку "распределять в 6 ндфл) В результате при каких то расчетах в начале месяца в регистре не сходятся суммы ндфл начисленный и уплаченный.