Мои комментарии

Всё автоматчески считает.

2. Районный коэффициент непонятно

"на все начисления ( оклад +доплата за вредность +премия)"

Так на "все" или только на эти 3 начисления?

В конце таблицы начислений видели колонку "Номер"?
Вот это начисление можно использовать для ссылки на него.
Если на оклад + 2 начисления то так: (ОКЛАД*ОВ/БАЛРВ+Н1+Н46)*0,05*РК
Где Н1 и Н46 - соответственно, номера начислений "Премия" и "Вредность".

Имейте ввиду, что идёт порядковый расчёт начислений. Чтобы учесть начисления №1 и №46, ваш районный коэффициент должен иметь номер больше, чем используемые в нём номера, например 50 и более. Это можно исправить в справочнике начислений.

Если что, спрашивайте, уточняйте.

1. По вредности.
Создаёте функцию Вред, прописываете ей как оклад / баланс времени * отработано * процент.
Привязываете её к начислению "Вредность", расставляете все плюсы и минусы по взносам и налогам.
Процент, на всякий случай, укажем потом, на случай его изменения.
В карточке НиУ выбираете функцию Вред, ставите нужный вам процент (5%)
Всё. Мурзилки в прицепе:

F4 - Пересчитывать НДФЛ при превышении - "НЕТ".

Судя по всему, сделать отдельное начисление со своим кодом типа НачРК.
Фоомула будет зависеть от того, какие начисления у вас попадают под этот РК.
Если все, то типа НАЧВС*РК.
Если отдельные, то перечислять
(Н1+Н2+Н7....+Н23)*РК

Не на сумму ли декабрьского НДФЛ разбежка?

Счёт в отделе надо убрать вообще, т.к. он не отражает процентной ставки НДФЛ.
Счёт НДФЛ привязан к коду удержания. При необходимости - субсчёт.
Иначе в отделе придётся "ловить" ситуацию "кому 13, а кому 15"

Что-то не работает.
В справочнике удержаний "68/НДФЛ/13".
В справочнике отделов счет "" (пусто - и не надо, пусть только отдел добавится).
В справочнике отделов субсчет "1".
Итого должно собраться "68/НДФЛ/13" + "/" +"1" = 68/НДФЛ/13/1.
Зарплата начислена, выдача проведена.
При формировании проводок нет проводки по НДФЛ.
Обновления последние. Куда копать?

Смысл наличия счета в отделе, фактически, отсутствует, т.к. теперь разные ставки НДФЛ.
А субсчет критичен для сбора уведомления по разным КБК и ОКТМО.

Сначала подразделы нужные рассчитайте.

Можете выложить сам бланк?
Хотелось бы посмотреть метод реализации

А налог по матвыгоде должен быть исчислен и удержан последним числом каждого месяца. И всё это вне зависимости от начисления зарплаты. У работника за данный месяц, например, вообще не могло быть начислений.
Это вообще не раздел зарплаты как таковой.

Обновите, пожалуйста, ini файлы структур файлов, чтобы хоть структуру знать и было с чем сравнить.

Что отвечает за проверку структуры? Какой тип должен быть?

Сложность формулы ни при чём.
Если начисления прошлого года, но выплата в текущем - то действуют правила текущего года.
Есть сроки перечисления, в пределах которых можно доплатить, если есть необходимость.

И какой будет алгоритм использования счётов для разных процентных ставок?
У нас есть  отделы на разных ОКТМО, до этого использовались счета структуры 68/НДФЛ/{отдел}
Как теперь лучше организовать?
Хотелось бы типа 68/НДФЛ{ставка}/{отдел}
Но как это лучше это сделать в справочнике отделов на автомате?

Вводить какие-то шаблоны типа 68/НДФЛ##/{отдел} ?
Чтобы "##" использовать на процентную ставку 13, 15, 18  и т.д.?
Программа знает по какой ставке пройдёт данная сумма начисления и формирует проводку на конкретный счёт. И в справочник отдела так указывать
68/НДФЛ##/1
68/НДФЛ##/Адм
68/НДФЛ##/Вод
А если в шаблоне счёта отсутствует "##" то вся сумма падает на счёт 68/НДФЛ/{отдел}

Добрый день!

И бланки перекомпилированы и зарплата пересчитана через 1.1.
Специально в двух отделах сделали счета 68/НДФЛ/1 и 68/НДФЛ/13/1.
Пересчитали. Второй отдел - нет проводок.
Меняем на "короткий" счёт в отделе, пересчёт зарплаты - проводки есть.

диск М: (в т.ч. на этот же новый головной компьютер).

Зря. Теряете скорость доступа к файлам и в перспективе проблемы с сетью. Подключая свой же диск вы заставляете компьютер гонять трафик через свою же сетевую карту. В итоге скорость доступа будет ограничена скоростью сетевого адаптера, а не скоростью диска. Это давно и много раз обсуждалось.
На самОм сервере лучше в автозапуске использовать "SUBST M: D:\B_net"
В крайнем случае подключать свой же диск через "net use /y M: \\127.0.0.1\B_net"
Этот адрес не подлежит маршрутизации и специально используется для создания обратной петли и обращения к своему же компьютеру.
А ещё лучше использовать для базы отдельный раздел диска, сменить ему имя на М: и полностью его шарить в сети.