Мои комментарии

Возможно раньше и работало, а нынче так. Добавьте счета кредита и будет вам счастье.
Только не переусердствуйте в добавлении новых соответствий. Могут возникнуть лишние.

Что не так?
Где покопаться?

Справочник соответствия заполнен неверно.
Должен быть и счёт дебета и кредита. Все налоговые счета должны существовать, а звёздочек "*" быть не должно.

Удалите файл kd_lk10.dbf. В нём всё равно пока ничего нет.

Присутствие блока в ОРН только иллюзия. Там нет библиотек к блоку. Библиотеки лежат в УСН.
Весь блок лежит в Бюджете, но чуть поновее.
Что делать.
Надо файл BUD_RPDOC.PAK из дистрибутива Бюджетной версии переименовать в файл USN_RPDOC.PAK и поместить в дистрибутив УСН. После этого установить обновление на версию УСН.

Для входящей счёт-фактуры в программе используется два номера.
1. Ваш внутренний номер, для вашего учёта. Обычно используют сквозную нумерацию, для этого достаточно автоматической нумерации в бланке.
2. Входящий номер поставщика. В графе ввода можно ввести 36 знаков. Этого более чем достаточно. Если этого не хватит, то есть клинический случай, можно в редакторе расширить графу ввода. В базе поле имеет 50 знаков.
В книге покупок предусмотрен вывод обеих номеров. В меню Операции\Счета-фактуры\Настройки раздела параметр Режим отладки для книги покупок установить Да.

В последнем обновлении изменился бланк 1.3.Зарплата. Формирование проводок.

Это вам показалось.
Бланк изменялся 22 ноября 2013 г.
Ваше предложение по исправлению формульного раздела повлияет только для коротких наименований начислений и удержаний.
Если будет использовано такое начисление как "Пособие по временной нетрудоспособности", данное исправление никак не сможет повлиять на работу бланка.

Скриншоты ф1 и ф2 были бы более информативны.
По поводу

СОНО" поставьте ДА"

я бы не стал делать, у вас ведь УСН.

..., и самое интересное ,что проверку все проходит. И как быть?

Поверить в правильность формирования отчётности.

а дальше?

И 4.1.?
Тогда начислили много.
У всех удвоение?

СЧИТАТЬ_ОРГ(ИдПол)
ПОЛНПОЛ=ОргПолн!ИдПОЛ

Бланк "2. 2б. Сводная ведомость по страховым взносам", что показывает?

Проверьте определение "ВЫБ_АВ_СЧ".

Из бланка "ИНСТРУКЦИЯ"
ВЫБ_АВ_СЧ ДА - при выборе авансов делать проверку по коду счета
Поставьте НЕТ и будет вам счастье.

Отправил.

Проверьте как настроены папки. Папка DATA должна быть отложена от базы.

Скопируйте файл ib.ini из другой программы.

не нравится параметр КПП плательщика.

Проверьте наличие этого параметра в Реквизитах и Определениях.
В случае обнаружения, удалите.

... мне нужно чтобы выводимый промежуточный итог по участкам (в данном примере сумму бал.ст-ти и нач.износа) был жирным шрифтом, да и названия участков тоже хотелось бы выделять.

В шаблоне можно жирным выделить общий итог.
Промежуточный итог выделить нельзя. Нет в Инфо-Бухгалтере функций управления шрифтом.
Вывод нескольких периодических разделов сделать, в рамках стандартной поставки, нельзя.
Даже нельзя вывести периодический раздел в две и более строк.

Находясь в бланке, выберите меню Правка\Редактировать, затем Правка\Компилировать.

Только снесенное определение "Конфигурация" так и не появилось вообще, это нормально? или мне что то предпринять.

1. Это не нормально.
2. Есть одна возможность для этого, удалить обработку входа в программу.
Установка\Настройки\События Вход/открытие базы данных.
Что у вас?