Мои комментарии

Бл или блр ставится при вводе больничного листа.
На НДФЛ это в общем-то не влияет.
Влияет, какое Вы начисление сохранили в карточку и его настройки в справочнике.

Начисление, которое поставили в карточке НУ, у него в справочнике начислений, скорее всего, + стоит в колонке подоходного налога, либо - ставьте, либо другое начисление.

Тип сотрудника не меняли? Это не тарифы, тарифы это налоги предприятия, а это взносы.

Ставка настраивается в меню "Зарплата-Настройки-Взносы предприятия".
В меню "Зарплата-Списки-Взносы предприятия для типов" выбираются взносы для типа.

В хотфиксах.

Хотфикса подождите

Подождать, либо разъяснения выйдут, либо программы проверки обновятся.

Подождите - сегодня хотфикс должен выйти.
Если не поможет, тогда пришлите папку ZP на zp@ib.ru.

Перед отправкой программой CheckPFR проверяли?

А базу не пришлете?

И в СЗВ-М и в ИС РСВ-1.

Возможно, две из них внесены в таблицу особых условий в 7.52, а две - нет.

Хотфикс подождите.

Таблица 3.1 заполняется автоматически если тип соответствует типу иностранца и в карточке НУ стоит статус ВП

Посмотрите обновился ли файл ...PROJECT/MN/MN_4_FSS_2015.IBL ?

040 - это исчисленный доход, и он вычисляется путем перемножения 020, за минусом вычетов в 030, на ставку в 010, он может не совпадать с удержанным в 070.

Попробуйте: Зарплата-Настройки-Общие параметры параметр "типыИностран", к уже имеющемуся добавьте "ВР" через запятую.

Попробуйте переустановить обновление.
Выгружаться должно 0.8.

Тип работника подпадает под иностранца?

Либо что-то со структурой файла ...DATA/ZP/ZP_TAB/ZP_TAB04.DBF . Либо еще может быть не обновлен файл IB.TOP . Еще могут быть временные файлы в папке DATA/ZP/ZP_TMP/ , их можно все удалить.