Мои комментарии

Достаточно пересчитать зарплату за июль.
Удалять расчет не надо, он заменится.
В результаты расчета за июль вычет внесётся в базу.
Если какие-то расхождения и будут, то нарастающим итогом пересчитается.

Зарплату за июль пересчитывали?
Где долг показывает?
"...В октябре бухгалтер исправила настройки..." - из настроек справочник начислений и соответствие.

Базу прислать можете на zp@ib.ru?

Есть такое, поправлю.

Здравствуйте.
Посмотрите в справочнике начислений код дохода для начислений. Если можете пришлите базу на zp@ib.ru

Хотфикс выйдет.

Воспользуйтесь Т-49

Этот бланк проводки не формирует.

У Вас номер реестра введен?

Медицина и дополнительные взносы вручную.
Страховая и накопительная части на основе ИС, и в таблице 4 тоже.

Зарплату через бланк 1.4 выдаете?
Прислать базу на zp@ib.ru можете?

Куда ошибка указывает?

Код выплаты какой?

По вычетам хотфикс выходил, и строка 080 должна нормально с ним встать.
070 строку посмотрю.
По поводу отдельной выплаты отпускных как и больничных в середине месяца, там надо заполнить таблицу соответствия и выдавать как отдельной выплатой со своим кодом.
При выдаче отпуска с окладом должно все работать (если отпуск выдавался в июне, срок перечисления - 30.06).
Когда начисляли отпускные, какой стоит код дохода начисления тем, кому отпускные выдавали?

Можете прислать на zp@ib.ru
файл, который ИБ формирует?

Если нужна форма для отчета, то нет.
Если только суммы, то можно воспользоваться бланком командировочных.

На это влияет настройка по F4 откуда ОКАТО брать.

Бл или блр ставится при вводе больничного листа.
На НДФЛ это в общем-то не влияет.
Влияет, какое Вы начисление сохранили в карточку и его настройки в справочнике.

Начисление, которое поставили в карточке НУ, у него в справочнике начислений, скорее всего, + стоит в колонке подоходного налога, либо - ставьте, либо другое начисление.

Тип сотрудника не меняли? Это не тарифы, тарифы это налоги предприятия, а это взносы.